Indonesia merupakan negara kepulauan dengan wilayah sangat luas yang terletak diantara beberapa lempeng tektonik, yang dengan sendirinya merupakan wilayah yang sangat rentan dengan bencana alam, antara lain gempa bumi, tsunami, erupsi gunung berapi, banjir, kekeringan, longsor, atau angin taufan. MTPBA hadir untuk mencetak tenaga yang andal dalam penanganan bencana alam, utamanya dalam upaya mitigasi bencana alam.

MTPBA berdiri pada 2001 dalam bentuk minat studi MPBA di Program Studi S2 Teknik Sipil FT UGM. Menjelang akhir 2013, MTPBA berpisah dari Prodi S2 Teknik Sipil dan berdiri sebagai program studi sendiri. Pada tahun yang sama, MTPBA menjadi Host Institution di bidang Natural Disaster dalam jaring kerjasama pendidikan Jepang-ASEAN, AUN/SEED-Net  (ASEAN University Network – Southeast Asia Engineering Education Development Network). AUN/SEED-Net adalah jaring kerjasama pendidikan pascasarjana teknik lingkup ASEAN dan Jepang. AUN/SEED-Net mewadahi 26 perguruan tinggi di negara-negara ASEAN dan 14 perguruan tinggi di Jepang (sila jenguk AUN/SEED-Net Member Universities). Sebagai host institution, MTPBA menerima mahasiswa dari berbagai negara ASEAN.

Lulusan MTPBA memiliki keahlian untuk melakukan analisis, evaluasi, dan sintesis berbasis ilmu pengetahuan bidang keteknikan dalam kegiatan pengelolaan bencana alam pada tahap pra-bencana, tahap tanggap darurat, dan tahap rehabilitasi-rekonstruksi. Bidang keahlian yang diutamakan bagi lulusan MTPBA adalah mitigasi bencana alam yang berupa penanggulangan (counter-measures) secara fisik teknis sesuai dengan acuan yang digariskan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (Peraturan Presiden Nomor 8 Tahun 2012).